El primer arzobispo que se ha sentado en el banquillo de los acusados, defendió que los obispos son "perfectamente libres en las decisiones que toman en el gobierno de sus Diócesis", por lo que afirmó que no tiene por qué dar "explicaciones" sobre los cambios en los cargos de confianza del Cabildo. A esto añadió que se siente "víctima de un acoso mediático" a consecuencia del juicio.
De esta forma, el responsable de la diócesis de Granada, Francisco Javier Martínez, declaró ante el titular del Juzgado de lo Penal 5 de esta ciudad, Miguel Ángel Torres. Del mismo modo, respondió a las preguntas del denunciante, Javier Martínerz Medina, negando amenazas o presiones contra el clérigo. En esta línea aseveró que la destitución del sacerdote como canónigo, retirada de la Cátedra de la Facultad de Teología y suspensión ad divinis se justifican en una pérdida de confianza.
Según la acusación, el acoso moral contra el sacerdote comenzó cuando el prelado lo relevó por decreto de su puesto de archivero en la Catedral por estar vinculado a los órganos de Gobierno de CajaSur (Córdoba), que financió un libro sobre la Catedral de Granada encargado por el anterior arzobispo, Antonio Cañizares, y cuya publicación fue paralizada por Martínez.
Al respecto ha señalado que desconocía que dicha publicación estuviese financiada por CajaSur, de la que ha apuntado que, si hoy existe, es gracias a él por su defensa ante su adecuación a la Ley Financiera estatal cuando era obispo de Córdoba.
El juez Torres, quien instruyó la operación Malaya contra la corrupción urbanística en Marbella (Málaga), tuvo que llamar la atención dos veces al arzobispo, a quien ha pedido que no sea "tan brusco" en sus respuestas.
El prelado permaneció sentado la mayor parte de su declaración, de más de una hora y media, tras pedirle permiso al juez alegando que sufre dolores de espalda, a consecuencia de la escoliosis que padece.
El sacerdote Javier Martínez Medina, que denunció al arzobispo por injurias, calumnias, acoso moral, lesiones y coacciones, declaró en el mismo juicio que la actuación del arzobispo le ha supuesto "un daño personal, sacerdotal y profesional muy grande" y que se ha sentido "humillado" en su "dignidad humana". De la misma manera, ante la acusación realizada por el arzobispo de apropiación indebida, el sacerdote afirma no haberse quedado con nada y reconoció que su relación personal con el que lidera la diócesis granadina siempre ha sido "nula".
