Poco a poco, partido a partido, Juanito se ha ido haciendo un pequeño gran hueco en la historia de la selección. Es pequeño porque apenas suma 23 encuentros como internacional, pero es grande porque ya ha jugado en tres grandes campeonatos. En el Betis sólo lo habían logrado Gordillo, Alfonso y Joaquín.
Aunque el 23 de julio cumplirá 32 años, Juanito apenas lleva siete en la élite, porque no debutó en Primera hasta que tuvo 25. Este dato da todavía más mérito a lo que ha conseguido, porque en apenas un año se ganó la llamada de la selección y, excepción hecha del Mundial de 2002, ha participado en todos los grandes campeonatos que se han disputado desde su salto del Betis B al Betis, previo paso por el Recreativo como cedido.
Juanito alcanzó el primer equipo verdiblanco en la campaña 2001-02. Empezó como suplente, pero las lesiones y el bajo rendimiento de hombres como Crosa lo condujeron de cabeza a la titularidad. Su magnífico rendimiento no le permitió llegar al Mundial de Japón y Corea del Sur, cosa que sí consiguió su compañero y amigo Joaquín, pero sólo era cuestión de tiempo que el seleccionador de turno se fijase en él. De hecho, el gaditano se estrenó como internacional en la primera cita post Mundial.
A partir de ahí, Juanito compitió en todas las fases de clasificación y tuvo minutos de forma consecutiva en tres fases finales: en la Eurocopa de Portugal 2004 jugó el último partido de la primera fase, ante los anfitriones; en el Mundial de Alemania 2006 repitió ante Arabia Saudí (y marcó el gol de la victoria, lo que le convierte en el único bético que ha visto portería en una fase final de la Copa del Mundo); y en la Eurocopa en curso volvió a ser titular el miércoles ante Grecia.
Su trayectoria, aunque con muchos menos partidos, lo pone a la altura de Gordillo, que como futbolista del Betis jugó doce choques entre la Eurocopa'80, el Mundial'82 y la Eurocopa'84 (se perdió la final ante Francia); Alfonso, con diez encuentros entre la Euro'96 (marcó un gol a Bulgaria), el Mundial'98 y la Euro'00 (doblete ante Yugoslavia); y el propio Joaquín, que no faltó al Mundial'02, a la Euro'04 y al Mundial'06. Cardeñosa también suma más participaciones en fases finales (cuatro), pero sólo fue a dos grandes eventos, el Mundial'78 y la Euro'80.
