La Cámara de Cuentas de Andalucía detectó "numerosas debilidades y deficiencias" en la gestión de las ayudas de la Junta a empresas privadas, familias e instituciones sin fines de lucro, especialmente en el cumplimiento de los plazos y el control interno en ocho consejerías, tras analizar en concreto el segmento de perceptores de subvenciones de entre 300.000 y 600.000 euros correspondiente al ejercicio 2005. De esta forma, se han seleccionado 24 perceptores de un total de 56 registros por un importe total de 9,97 millones a que ascienden los 81 expedientes correspondientes a las subvenciones concedidas a los beneficiarios seleccionados. Los datos se han recabado con peticiones a la Junta y visitas a beneficiarios.
La Cámara de Cuentas apuntó, entre las principales incidencias detectadas en los expedientes de subvenciones incluidos en el segmento de perceptores fiscalizado, comportamientos "poco rigurosos" o incluso "laxos" en el cumplimiento de los plazos para resolver la concesión de subvenciones en varias consejerías. Así, en Gobernación, aparecen "deficiencias" en los procesos de admisión, al registrarse una "reformulación de la solicitud con rebaja en el porcentaje de autofinanciación", y en los procesos de justificación, por una "inadecuada acreditación o falta de aportación de los justificantes de gastos", por ejemplo, en el caso de la Unión de Consumidores de Andalucía. En Innovación hay un "poco riguroso" cumplimiento de los plazos y en Obras Públicas, hay casos de mala justificación. En Turismo y Agricultura se detecta un "laxo" nivel de resolución y en Salud "hay numerosas debilidades" que muestran "un deficiente control".
