Como desventajas de los fondos de renta fija hay que señalar que, si bien este tipo de fondos permiten al inversor la diversificación de su cartera, sin embargo, siguen expuestos a los riesgos de crédito, de inflación y de fluctuación de los tipos de interés, al igual como ocurriría en el supuesto de que el inversor adquiriese los bonos directamente.
El valor de mercado de los bonos, como títulos cotizados, fluctúa diariamente y, por ello, también lo hará el valor de los activos de los fondos de renta fija. Esto lleva aparejado el hecho de que el valor de la participación en el fondo del inversor variará y por ello, el precio obtenido con la venta de la participación puede ser mayor o menor en función de la variación que haya sufrido el bono en el mercado desde el momento de la suscripción de la participación hasta el momento de su venta.
El participe del fondo ha de tener en cuenta que la gestión profesional del fondo tiene un coste que deberá sufragar, existiendo por ello una comisión de gestión o mantenimiento que irá a cargo del inversor. El tema de las comisiones ha sido recientemente clarificado y modificado por la Directiva comunitaria conocida como MIFID II, que entró en vigor el día 3 de enero de 2018, por la que se clarifican las comisiones a cobrar por la gestión de fondos de inversión y se prohíben las comisiones de éxito.
Existe una enorme variedad de fondos de inversión en el mercado por lo que hay que ser muy cuidadoso en el momento de su elección. Los principales factores a tener en cuenta a la hora de la elección de un fondo de renta fija son, en primer lugar los objetivos de inversión del mismo.