La nueva fiscal general general del Estado cosecha buenas críticas por todas partes. Tanto progresistas como conservadores, todos coinciden en señalar a María José Segarra como una mujer con una gran capacidad de trabajo y persona de buen trato. A pesar de haber lidiado con casos mediáticos como los asesinatos de la pequeña Mari Luz Cortés o Marta del Castillo, a Segarra siempre le ha gustado figurar en un segundo plano. Sin embargo, otros tantos recordarán a Segarra como la fiscal que negó tres veces a la jueza Mercedes Alaya, instructora del caso de los ERE.
Todo comenzó cuando Segarra tuvo que cerrar la investigación preliminar que había abierto en 2009 cuando la Junta de Andalucía puso en su conocimiento las grabaciones del caso Mercasevilla. Lo hizo «por imperativo legal», como afirmó entonces, porque el PP presentó una denuncia.
El primer choque entre Segarra y Alaya tuvo lugar en 2010, cuando la fiscal jefe de Sevilla apoyó la recusación de la magistrada por el trabajo de su marido como auditor en la sociedad que estaba siendo juzgada. No llegó a prosperar.
Ya en 2013, Alaya archivó una parte de la causa en que estaban imputados los hermanos de la exministra Báñez y, de paso, acusó a los fiscales de «retrasar el proceso» y haber cometido «errores». Segarra negó la mayor y lamentó las «expresiones gratuitas» de Alaya.
La tercera negación fue cuando la fiscal jefe contradijo el criterio de Anticorrupción en el caso ERE y la validez del informe pericial que encargó Alaya.