El máximo organismo de arbitraje deportivo ha puesto así fin a un largo proceso contra Valverde al admitir los recursos de la Federación Internacional (UCI) y la Agencia mundial antidopaje (AMA) contra la Federación Española (RFEC) y Alejandro Valverde, por lo que le ha castigado "por violación del reglamento antidopaje", un artículo, el 15, que habla de la prohibición del uso de sustancias prohibidas. Sin embargo, el TAS no ha admitido la solicitud de UCI y AMA de anular los resultados deportivos obtenidos por Valverde, de 30 años, antes del comienzo de la sanción, es decir desde el inicio de las sospechas, allá por 2007.
Esta decisión es el resultado de la aparición del nombre en clave de Valverde en los papeles y bolsas de sangre incautadas en la redada antidopaje llevada a cabo por la Guardia Civil conocida como Operación Puerto, que se inició en mayo de 2004. El vía crucis particular de Valverde en relación a la Operación Puerto y su implicación en la misma comenzó en agosto de 2007, cuando la UCI solicitó a la RFEC la apertura de un expediente disciplinario contra Valverde debido a las pruebas recogidas en dicha intervención de la Guardia Civil, en las que se incluía una bolsa de sangre etiquetada como "Número 18 VALV-PITI", presuntamente del corredor. El 7 de septiembre del mismo año la RFEC rechazó la demanda de la UCI y decidió no abrir expediente disciplinario contra el ciclista. La UCI y el AMA demandaron entonces a Valverde ante el TAS solicitando sanción para el corredor murciano con dos años "por violación del reglamento antidopaje". La Federación Internacional intentó impedir la participación del español en el Mundial de Stuttgart 2007, pero en aquel caso fue el propio TAS quien permitió el concurso de Valverde.
El Comité olímpico italiano (CONI) entra en escena en febrero de 2009 anunciando el inicio de un proceso contra Valverde para investigar su implicación en una Operación Puerto que ya se había cobrado algunas víctimas, como el italiano Ivan Basso, el reciente ganador del Giro, después de cumplir una sanción de dos años. El procurador del CONI, Ettore Torri consiguió que la jueza suplente del Juzgado de Instrucción número 31 de Madrid le facilitara más de 40 muestras de sangre de las incautadas en 2006. Esto sirve para que el organismo olímpico italiano decidiera en mayo de 2009 que, según las pruebas, se demostraba que Alejandro Valverde estaba implicado en la Operación Puerto y le aplicaba una sanción de dos años sin competir en Italia.Mientras Alejandro Valverde espera que el TAS decida sobre la ampliación de la sanción a todo el mundo, el ganador del Pro Tour 2006 y 2008 siguió compitiendo, y a un nivel trufado de éxitos. En 2009 añadió a su palmarés su primera victoria en una de las grandes pruebas por etapas al imponerse en la Vuelta. Además fue el mejor en la Dauphiné Liberé, Vuelta a Cataluña y Vuelta a Burgos. En 2010 Valverde empezó arrasando desde las primeras carreras. Ganó el Tour del Mediterráneo, 2 etapas en la Vuelta al País Vasco y la Vuelta a Romandía, su última aparición en el presente ejercicio.
La Unión Ciclista Internacional (UCI) descalificará a Valverde de todas las competiciones en las que ha participado en esta temporada y le retirará los premios tras la sanción de dos años que le ha impuesto el TAS. Además, pierde la condición de número uno del mundo, ya que los puntos obtenidos con sus victorias en el Tour del Mediterráneo, 2 etapas en la Vuelta al País Vasco y Vuelta a Romandía también le serán retirados. La UCI recibió "con satisfacción y alivio" la decisión. "Los daños causados por el comportamiento de Valverde desde que la UCI tuvo convencimiento de su culpabilidad no podrán ser compensados con la sanción", dijo en un comunicado. Por su parte, el presidente del Comité Olímpico Italiano Giovanni Petrucci, cree que la sanción es "una victoria de la ética y de la corrección".
Francisco Sánchez Saber, representante del ciclista murciano Alejandro Valverde, calificó de "chanchullo de la justicia deportiva" la decisión del Tribunal de Arbitraje Deportivo (TAS) de suspender por dos años al corredor por su presunta implicación en la ‘Operación Puerto', al entender que se había dopado para competir. Sánchez Sabater indicó que en nombre de su representado recurrirán al Tribunal Superior de Justicia y al Tribunal Federal Suizo. El agente de Valverde comentó que "vamos a ir paso a paso y con paciencia en este asunto para tratar de demostrar la inocencia de Valverde, a quien se le condena por dopaje cuando en más de 300 analíticas que se le han efectuado en los últimos años nunca ha dado positivo". Según Sánchez Sabater, la sanción a Valverde es "una medida ejemplarizante que el TAS ha querido adoptar y hasta que no han conseguido su propósito no han parado".
Por su parte, Juan Carlos Castaño, presidente de la Federación española de ciclismo (RFEC) manifestó su "respeto y acatamiento" de la "triste y dura" sanción del TAS "entre otras cosas por ser quien es el afectado", señaló a Efe Castaño. El presidente federativo lamentó, no obstante, que la decisión no hubiera sido competencia de la RFEC. "A quien correspondía tomar la decisión era a la RFEC siguiendo las normas españolas y el derecho español. Solicitamos al juez de la Operación Puerto que liberase las pruebas para abrir expedientes, pero recibimos una respuesta negativa".
El Consejo Superior de Deportes (CSD) y la Agencia Estatal Antidopaje (AEA) también señalaron que respetan la decisión adoptada por el TAS, "que aunque es un órgano de arbitraje deportivo de ámbito privado, las partes se someten a sus resoluciones de forma voluntaria", indicaron en sendos comunicados.
