Concretamente, y así lo reconoció el Ejecutivo andaluz, la parte más afectada es la relativa a la "nueva arquitectura de la justicia" en la comunidad. Y es que el Constitucional anula toda referencia a la creación, competencias, composición y capacidad para convocar plazas de jueces y magistrados del Consejo de la Justicia de Cataluña, una especie de órgano de gobierno de los jueces autonómico que también prevé el Estatuto andaluz en sus artículos 143, 145 y 146. Al igual que en Cataluña, este órgano aún no ha sido creado, si bien tanto Manuel Chaves como el actual presidente de la Junta, José Antonio Griñán, se comprometieron a ello en sus discursos de investidura.
El PP nacional consideró inconstitucionales estos artículos dentro del Estatut catalán, pero no en el andaluz, del que la formación de Javier Arenas siempre defendió que respetaba la Carta Magna. El líder nacional de los populares, Mariano Rajoy, llegó a calificar el Consejo de Justicia de Cataluña como un "ataque frontal al Poder Judicial".
El otro artículo del texto andaluz que podría verse afectado es el 75, relativo a "cajas de ahorro, entidades de crédito, bancos, seguros y mutualidades no integradas en el Sistema de Seguridad Social". Andalucía copió la fórmula catalana de proclamar su "competencia compartida" sobre su actividad financiera "de acuerdo con los principios, reglas y estándares mínimos que establezcan las bases estatales". Es esa puntualización de "principios, reglas y estándares mínimos" la que anula el fallo del Constitucional para dejar más claro que las competencias autonómicas están supeditadas al marco estatal. La Junta amplió incluso sus potestades sobre las cajas mediante una modificación de la Ley de Cajas, por la que se reserva la última palabra sobre las fusiones interterritoriales que emprendieran las entidades andaluzas.
La sentencia sobre el Estatut catalán también anula los términos "nación" y "realidad nacional" con los que el preámbulo define a Cataluña. En el caso de Andalucía, el término nación, tras un arduo debate, quedó excluido finalmente y esa fue una de las principales causas que motivó el no de los andalucistas. Sólo se alude a que "el Manifiesto andalucista de Córdoba describió a Andalucía como realidad nacional en 1919". En cuanto a la actualidad de la comunidad, el preámbulo del Estatuto andaluz explicita que la Constitución Española reconoce a Andalucía como una "nacionalidad".
En Andalucía, el PP no recurrió la reforma estatutaria como en Cataluña al sumarse in extremis al pacto para aprobarla, pero sí lo hicieron otras comunidades sin que hasta el momento la justicia se haya pronunciado.
En concreto, Extremadura, gobernada por el PSOE, apeló a una intromisión en sus competencias en materias de aguas al señalar que Andalucía ostenta la potestad exclusiva sobre la Cuenca Hidrográfica del Guadalquivir. Por su parte, Valencia, de Gobierno popular, recurrió que se blinde en el texto andaluz que la inversión del Estado llegue a la comunidad en función de su peso poblacional, un 17,8%.
Desde la aprobación del Estatuto andaluz, el Parlamento autonómico ha dado luz verde a varias normas emanadas del mismo como la Ley de Muerte Digna, la Ley que regula el derecho a la Vivienda, la Ley de Aguas, la Ley de Autonomía Local y la de participación de los ayuntamientos en los tributos de la Junta.
