La reforma de la etapa Secundaria fue esbozada por el Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero y asumida después, con algunos cambios, por el Gobierno de Rajoy. El cambio sustancial está en el último curso de la ESO (4º), que se transforma en el primer año de Bachillerato o de FP. La etapa Secundaria pasa de cuatro a tres años y la postobligatoria de dos a tres. Ese primer año de Bachillerato o de FP sería obligatorio, un curso de orientación que los alumnos tendrán que hacer para titularse, con asignaturas comunes y otras propias de Bachillerato o de FP.
Esta propuesta fue muy cuestionada por los principales agentes de la comunidad educativa: alertaban de que podía abrir una espita de discriminación, separando a los buenos alumnos de los estudiantes con más dificultades. Las comunidades, además, advirtieron de que el coste sería elevado, porque supondría reorganizar todos los institutos de Secundaria (donde no se imparte el Bachillerato o la FP).
Desde el Ministerio de Educación se apunta ahora a esta idea. Hacienda y las comunidades autónomas han subrayado que en la actual situación económica, abordar una reforma de este tipo sería "excesivamente costosa". "Las comunidades no están en condiciones de afrontar este sobrecoste en estos momentos", reconocen en el departamento de Wert. Al no haber un borrador alternativo a la reforma ni fechas para iniciar el debate que justifica el bloqueo del real decreto, los sindicatos de la enseñanza entienden que los cambios en la estructura de la Secundaria han quedado "suspendidos sine die".