El nuevo plan sustituye al anterior, vigente desde 1993, y cuenta para los primeros tres años con un presupuesto de 145,3 millones. Incluye una apuesta por el transporte público en los alrededores y dentro del parque con restricciones al tráfico que comenzarán por los rocieros.
En 2006, en plena moda de los todo terrenos y quads, la Junta ya reguló el tráfico en la Raya Real y el camino de Moguer, limitando la velocidad a 40 km/h y restringiendo el paso a coches autorizados de trabajadores en la conservación del parque, en las fincas agrícolas y ganaderas y visitas de grupo escolares. Para el Rocío, la Consejería de Medio Ambiente expide la pertinente autorización a cada hermandad y exige a sus remolques y coches ir identificados externamente.
El nuevo plan amplía las restricciones a todo el espacio natural y en el Rocío se optará, según el consejero de Medio Ambiente, José Juan Díaz Trillo, por limitar "cupos" de coches a los que se permitirá el acceso.
Pero el problema de la movilidad no se limita a la romería, ya que el espacio protegido incluye varios términos municipales conectados por carreteras. La Junta quiere reducir el tráfico privado y potenciar el transporte público entre éstos, una demanda histórica de los ayuntamientos. El plan prevé ampliar el tren de cercanías hasta Aznalcázar por Sevilla y hasta La Palma del Condado por Huelva, crear una conexión fluvial por trasbordador entre Isla Mayor y Lebrija y mejorar las líneas de autobuses de Sevilla, La Palma y Almonte a El Rocío y Matalascañas. No obstante, desde la organización ecologista WWF, su portavoz, Juanjo Carmona, considera "contradictorias" estas medidas mientras no se pone coto al asfaltado de caminos agrícolas del parque convertidas en auténticas carreteras muy transitadas.
Junto a la movilidad, los "objetivos preferentes" del plan son la "reordenación" de los usos agrícolas del agua de Doñana y la recuperación de su principal acuífero, el Almonte-Marismas, para evitar la desertización de sus humedales como en Daimiel. Las organizaciones ecologistas y el propio Seprona calculan que hay mil pozos y 3.000 hectáreas de regadío ilegales. Trillo no descartó el cierre de algunos aunque habló más de "restructuración del sistema hídrico y sus usos agrícolas" así como "reforzar las infraestructuras de abastecimiento, saneamiento y depuración".
El plan concreta el tratamiento de las aguas residuales de la aldea de El Rocío y núcleos que vierten a la marisma, la construcción de nuevas depuradoras en Bollullos, Almonte y Rociana y la reutilización en la franja fresera. Los ecologistas recuerdan que la depuración es una obligación legal de la UE y creen que el plan se queda corto.
